Pada peringkat awal, hanya 17 buah kelas dicadangkan dibuka iaitu 1 kelas Peralihan, 7 kelas Tingkatan 1, 5 kelas Tingkatan 2 dan 3 kelas Tingkatan 4. Bilangan pelajarnya 347 orang. Walau bagaimana pun, disebabkan kekuranagn pelajar hanya 9 kelas sahaja beroperasi dan kelas peralihan disediakan kerana tiada pelajar. Begitu juga yang berlaku kepada bilangan guru, daripada 36 orang dikurangkan mengikut keperluan kelas. Pentadbiran pejabat dibantu oleh 3 orang Pembantu Am
Jabatan Pelajaran telah menempatkan Encik Shahbudin Bin Hj Sani sebagai Pegawai Pemantau bermula 16/11/2003 agar pentadbiran dan pengurusan sekolah berjalan lancar. Beliau dibantu oleh Pn Siti Zaidah Bt Ismail sebagai Penolong Kanan Hal Ehwal Murid dan En. Mohd Hanafiah B Hj. Maulud, Penolong Kanan Kokurikulum dengan bantuan Pn. Norliza Abdullah sebagai Pembantu Tadbir N17.
Pendaftaran pelajar Tingkatan 1 telah dilaksanakan pada 2/1/2004, disusuli degan pendaftaran pelajar Tingkatan 2 dan pelajar Tingkatan 4 pada 5/1/2004. Mesyuarat guru kali pertama diadakan pada 31/12/2003. Pengetua pertama yang ditempatkan di sekolah ini pada 2/4/2004 ialah En. Abara Ahmad B Hj Mohamad Muneer.
Kini, SMK Panchor telah mampu menampung pelajar seramai lebih daripada 850 orang pelajar. Sekolah ini telah di terajui oleh empat orang pengetua . Pengetua yang kedua ialah Pn. Zainah Bt Shamsudin menggantikan pengetua pertama yang bersara. Puan Aziza Bt Aziz adalah pengetua yang ketiga. Mulai 23 Mac 2008, Datin Hjh Faraded Bt Mohd Dom menjadi pengetua yang keempat. Kini, SMK Panchor berada dibawah pimpinan Tn Hj. Muhammad Amir B Y.M Shariff.
Carta Organisasi : Panitia Sains
CARTA ORGANISASI PANITIA SAINS 2012
SMK PANCHOR
Pengetua
Tuan Haji Muhamad Amir bin Y.M Shariff
Guru Penolong Kanan
Puan Salmiah binti Ithnin
Ketua Bidang Sains
Puan Hajah Rozita binti Baharuddin
-Ketua Panitia Sains -Penyelaras Kimia -Penyelaras Fizik - Penyelaras Biologi
:En. Mohd Fariz bin :Cik Nazihah bt :Pn. Norafidah :Pn. Haryati binti
Ismail Effendi binti Hanapi Kosnan
Guru-guru Sains
Pn. Hajah Rozita binti Baharuddin
Pn. Siti Faridah binti Shamsuddin
En. Mohd Fariz bin Ismail
Pn. Alenawati binti Haji Perwira
Pn. Norafidah binti Hanapi
Pn. Haryati binti Kosnan
